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手机短信没有删除却自动消失的原因可能有以下几种。
1、可能是被手机中的安全软件误判为垃圾短信并清理掉了，在这种情况下，可以尝试调整安全软件的设置，或者暂时关闭安全软件以查看短信是否仍然会被删除。
2、手机系统自身的缓存问题也可能导致短信自动消失，重启手机或恢复手机的出厂设置可能会解决这个问题。
3、如果使用的是某些应用或第三方短信服务，可能存在自动清理功能，这些应用可能会自动删除一些旧的短信，建议检查应用的设置或询问服务提供商以获取更多信息。
4、手机中病毒也可能导致短信自动消失，这种情况下，可以尝试使用杀毒软件进行扫描和清除病毒。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系手机制造商或手机运营商的技术支持团队以获取进一步的帮助。